Masjid Baiturahmat yang berlokasi di jalan Tambora 2 kelurahan Sidanegara Kabupaten Cilacap berdiri sejak Senin Pon 5 Juli 1980, waktu itu masih berbentuk Musholla kecil yang berdiri di atas tanah yang hanya berukuran 10 ubin. Kemudian Bapak KH. Edi Suwarto mencari Donatur dan mengembangkan Masjid menjadi 15 ubin dan mendirikan sholat jumat. Kepengurusan Taman Pendidikan al-Qur'an ( TPQ ), Madrasah Diniyah ( MADIN ) dan Pondok Pesantren Baiturahmat dari awal berdiri, telah mengalami reorganisasi berkali2.
Pada awal Kepengurusan ada beberapa nama sebagai pengurus kecil sebagai berikut :
1. Imam utama : Bp. H. Ibrahim
2. Badal/ wakil Imam : Bp. Sukono
3. Khotib : Bp Sukono
Bp. Slamet Riyadi
Bp. Rosidi
Lalu pada Periode berikutnya menjadi :
1. Imam utama : Bp. H. Ibrahim
2. Badal/ wakil Imam : Bp. Sukono
Bp. Edi Suwarto
3. Khotib : Bp Sukono
Bp. Slamet Riyadi
Bp. Edi Suwarto
Bp. Surasmo
Pada Periode berikutnya terjadi reorganisasi lagi, tepatnya pada tahun 1990 :
1.Imam utama : Bp. Edi Suwarto
2. Badal/ wakil Imam : Bp. Samid Hamdani
Bp. Mutohirin
Bp. Subaedi
3.Khotib : Bp. Slamet Riyadi
Bp. Sugeng Iriyanto
BP. Masran
Pada Periode berikutnya terjadi reorganisasi lagi, tepatnya pada tahun 1995 :
1. Pengasuh ; Bp. K.Edi Suwarto
2.Imam utama : Bp. Edi Suwarto
3. Badal/ wakil Imam : Bp. Muhrorudin
Bp. Samid Hamdani
Bp. Mutohirin
Bp. Subaedi
4.Khotib : Bp. Slamet Riyadi
Bp. Sugeng Iriyanto
BP. Masran
5. Muadzin : Bp. San Mulya
Bp. Herman
Baru 2 bulan tahun itu juga 1995 berubah Imam utama menjadi Bp. Muhrorudin karena Bp.K Edi Suwarto pindah rumah dan menjadi Imam Utama di Masjid Nurul Bahri / Muslim Pancasila Tegal Kamulyan maka digantikan menantunya yaitu Bapak Muhrorudin yang menikah dengan putri pertamanya ; Dra.Tuti Munfaridah, M.S.I ( Rabu legi 07 jumadistani / 01 November 1995 )
